تشكل خلايا الإخوان النائمة صداعا في رأس الدولة المصرية، خاصة أن أعدادا كبيرا منها متواجدة بالجهاز الإداري للدولة بمختلف الهيئات، وتعمل وفق خطط محددة ترسم لها لعرقلة جهود الإصلاح واصطناع الأزمات داخل البلاد، وفق تصريحات مسؤولين بالحكومة المصرية.