أثار إعلان المبادئ الذي نص على فصل الدين عن الدولة في السودان وإنشاء جيش قومي موحد يعكس التنوع السوداني.. ورغم ترحيب الأغلبية بالاتفاق إلا أن مجموعات إخوانية رفضته وانهالت عليه بالاتهامات.
