يشتد في محافظة شبوة وجه آخر للصراع، بين الحكومة اليمنية والمجلس الانتقالي الجنوبي المدعوم إماراتيا، تقوده جماعات مسلحة تستهدف عملية الاستقرار والتنمية في المحافظة، الواقعة جنوب شرقي البلاد.