انعكست العلاقات القوية بين مجلس السيادة الانتقالي بالسودان ومصر على الكثير من القرارات، كان آخرها سحب الخرطوم الجنسية من آلاف الأجانب، وسط مخاوف من تسليم معارضين مصريين.