لم يتوقف الدعم المصري للسودان في كارثة الفيضانات على المساعدات الرسمية والجسر الجوي المتواصل من القاهرة إلى الخرطوم، إذ شارك عدد من مؤسسات المجتمع المدني والجمعيات الخيرية المصرية في إرسال أطنان من المواد غذائية والأدوية والأمصال ومواد الإيواء إلى أهل السودان من خلال قوافل إغاثية.