اعتبر وجهاء ومسؤولون ليبيون، أن تحديات كبيرة تهدد بفشل عمل المفوضية العليا للمصالحة الوطنية، أهمها الوضع الأمني، والانقسام المؤسساتي، وعدم وضع خطة واضحة للعملية ذاتها.