يقع مستشفى ابن الخطيب في الجهة الجنوبية الشرقية من بغداد عند منطقة التقاء نهر دجلة بنهر ديالى، وهذه المنطقة زراعية مفتوحة، أنشئ عام 1962، وكان جناحا تابعا للقوات المسلحة خاصا بالأمراض الانتقالية.